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全面深化研究生教育體制改革，基礎是理清研究生培養的科學理念，并將這些理念轉化為具體的改革實踐。中國農業大學在國家研究生教育綜合改革和全國研究生教育質量工作會議精神的指導下，進行了積極的理論思考與實踐探索，實施了新一輪研究生教育深化改革。現已初步建立起了一套比較完整的體系，并取得了較為明顯的效果。主要措施是：

第一，樹立科學的質量觀，明確培養定位，調整學制和培養方案。

按照社會需要大量的應用型人才和少量的高水平研究型人才的要求，我校調整和明確了研究生培養定位：碩士生教育以培養應用型人才為主，博士生教育以培養學術型人才為主。為落實這個理念，我校進行了學制等一系列調整，不僅促進了博士生學術培養質量的不斷提高，也強化了碩士生的應用實踐能力培養。我校的應用型碩士生培養“科技小院”模式，在全面提高碩士生的實踐能力和綜合素質方面，取得了非常顯著的效果。

第二，樹立科學的選材觀，推行碩博連讀，實行博士生招生申請考核制。

招生的過程，實際上就是選材的過程，就是要在那些自己愿意繼續攻讀的本科畢業生中，把那些最具備“學科特長和創新潛質”的學生挑選出來，招收為研究生。

我校的研究生招生改革，主要體現在博士招生方面。一是鼓勵學生進行碩博連讀，目標是使碩博連讀生占到絕大比重，從而加強博士生培養的連續性。二是對社會招考實行全面的申請考核制。由于改革方案設計比較周密，落實執行比較細致，因此進展的過程非常順利，達到了預期效果。

第三，樹立科學的選師觀，淡化與職稱掛鉤的博導稱號概念，實行以崗位能力為評價指標的招生資格審核制度。

我國長期以來，把博士導師當作一個頭銜和學術職位，只有正教授以上的才能夠擔任。這種僅與職稱關聯并且固化的博導資格，使得一些優秀的青年副教授不能招收博士研究生。我校改革的目的，就是把每年有限的博士生招生指標，分配給學術水平最高、培養條件最好的老師。主要措施是賦予副教授與教授同等的招生資格。這樣，使得更多的優秀副教授獲得博士招生資格和指標，而那些競爭力不強的教授則暫停招生。我校第一次在全校范圍內實行此項政策時，有近百名優秀副教授獲得了博士生招生的權力，而有數十名教授沒有獲得博士招生指標。

第四，樹立科學的獎助觀，推進導師項目資助制，重點提高博士生獎助水平。

從國際經驗看，碩士生獲得獎助津貼的較少，而博士生則基本上都有獎助津貼，并且數額較高。主要原因是從事科研活動的不同：碩士生從事科研工作不多，而博士生以科研工作為主。相應地，國外的研究課題都允許列支研究生津貼。事實上，人員費用是很多研究項目（包括自然科學項目和人文科學項目）支出的主體。我校的改革也是按照這個思路設計的：穩定和適度提高碩士生津貼水平，較大幅度提高博士生津貼水平。國家出臺新的研究生獎助制度之后，我校的研究生津貼（包括獎助學金）原則上由國家、學校和導師共同承擔。今后隨著科研項目中列支研究生助研津貼制度的完善，導師承擔的部分應該逐步提高。對于人文社會類學科，學校承擔較大比例乃至全額負擔。為更好地落實好國家新出臺的研究生學費和獎助制度，學校投入經費，使得研究生實際享受的待遇水平，新生和老生一樣，學術型碩士和專業碩士基本一樣，從而平穩地推進了國家政策的落實。